Han passat segles des que els oceans es van alçar i engulleron totes les nacions dels homes. Ara, només bèsties i horrors invisibles aguaiten sota les ones, continguts per un sol home: el Capità Nemo, a bord de la seva llegendària nau, el «Nautilus». Fins que un dia, Arona, una jove òrfena amb una misteriosa semblança a ell, puja a bord del seu vaixell. La seva arribada porta amb si preguntes que obliguen a Nemo a desenterrar el passat: Què va ser del món? Pot ser salvat? I va valer la pena tot això?